"Medycyna Weterynaryjna" została założona w maju-czerwcu 1945 r. przez grupę profesorów na nowo powstałym w Lublinie Wydziale Medycyny Weterynaryjnej Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej.W krótkim czasie zdobyła duże uznanie, jako początkowo jedyne polskie czasopismem o charakterze naukowo-praktycznym. "Medycyna Weterynaryjna" przechodziła w okresie ponad 60 lat istnienia liczne zmiany organizacyjne wynikające ze specyfiki sytuacji politycznej w ówczesnej Polsce. W 1956 r. powiązana została organizacyjnie z powstałym w tamtych latach Polskim Towarzystwem Nauk Weterynaryjnych. Do tej pory jest tego Towarzystwa oficjalnym organem. W pierwszym okresie swego istnienia czasopismo podporządkowane było administracyjnie Państwowemu Wydawnictwu Rolniczemu i Leśnemu. Taka zależność od organu państwowego była w tym okresie obligatoryjna dla wszystkich polskich czasopism.

Istotne zmiany w funkcjonowaniu „Medycyny Weterynaryjnej” miały miejsce w 1989 r., kiedy w wyniku przemian ustrojowych doszło także do zmian organizacyjnych we wszystkich czasopismach, które stanęły przed wymogiem finansowej samowystarczalności. W ten sposób w 1990 r. "Medycyna Weterynaryjna" stała się niezależnym edytorsko i samofinansującym się czasopismem. Znaczącą rolę w rozwoju i działalności czasopisma odegrały jego zespoły redakcyjne, a zwłaszcza redaktorzy naczelni, którymi byli z zasady profesorowie Wydziału Medycyny Weterynaryjnej w Lublinie. Było ich dotychczas czterech (Józef Parnas 05-07.1945; Alfred Trawiński 1945-1957; Tadeusz Żuliński 1957-1967; Edmund Prost 1967-2008), ale niewątpliwie największy wkład w rozwój czasopisma miał ostatni z nich, zmarły w 2008 r., prof. dr hab. Edmund K. Prost, który stanowisko redaktora naczelnego piastował nieprzerwanie przez ponad 40 lat. Jemu też czasopismo najwięcej zawdzięcza pod względem swego rozwoju i obecnego poziomu.

"Medycyna Weterynaryjna" publikuje zróżnicowane w charakterze artykuły, które grupowane są w następujące działy edytorskie: artykuły przeglądowe, prace oryginalne, zagadnienia nauki i zawodu, historia weterynarii, wspomnienia pośmiertne oraz kronika, zawierająca krótkie informacje nt. postępu naukowego w nauce i zawodzie weterynaryjnym i lekarskim. Największe znaczenie mają dwa pierwsze działy, których publikacje są zaopatrywane w anglojęzyczne streszczenia. Jednocześnie Redakcja „MW”, zdając sobie sprawę z wymogów rynkowych, od 2001 r. rozpoczęła publikowanie prac w języku angielskim. W 2008 r. podjęta została decyzja o wydawaniu czasopisma w wersji elektronicznej. W formie tej dostępne są streszczenia prac ogłoszonych w latach 1999-2005, pełne wersje wszystkich prac ogłoszonych w latach 2006-2011 (pliki .pdf), pełne wersje prac anglojęzycznych ogłoszonych w roku bieżącym (.pdf). Pozostałe prace roku bieżącego dostępne są tylko w formie streszczeń. Zgodnie z zasadą przyjętą w Redakcji pełne wersje tych publikacji dostępne będą dopiero w roku następnym.

Wszystkie artykuły redakcyjne, przed podjęciem decyzji o możliwości publikacyjnej, poddawane są dwukrotnej ocenie przeprowadzanej przez czołowe polskie autorytety naukowe i zawodowe. Dzięki temu systemowi „MW” utrzymuje od lat wysoki poziom merytoryczny. Artykuły przeglądowe są właściwie krótko ujętymi monografiami poświęconymi konkretnym problemom naukowym i zawodowym, opartym na najnowszej wiedzy. Prace oryginalne mają szczególną wartość merytoryczną, gdyż prezentują wyniki badań prowadzonych w polskich i zagranicznych zakładach naukowych.

W „MW” drukowane są artykuły nie tylko z zakresu weterynarii, ale także biologii stosowanej, tj. medycyny, nauk o zwierzętach, higieny i technologii żywności oraz żywienia. Czasopismo niewątpliwie należy do najważniejszych periodyków z zakresu medycyny weterynaryjnej i biologii stosowanej we wschodniej części Europy. Wartość czasopisma została doceniona przez międzynarodowe serwisy informacyjne, a publikowane materiały cytowane są w większości wydawnictw zawodowych. "Medycyna Weterynaryjna" od szeregu już lat indeksowana jest przez Thomson Scientific (dawniej Institute for Scientific Information w Filadelfii, USA), który umieścił to czasopismo na swojej Master Journal List.